V rámci projektu byly realizovány následující oblasti: 

Řízení a kontrola programu
Technické zabezpečení činností ŘO
Publicita
Vzdělávání
Evaluace
Příprava nového programového období 2014-2020

Řízení a kontrola programu – financování aktivit podporujících přípravu, výběr, hodnocení a monitorování implementace operačního programu, dále tvorba metodických dokumentů a manuálů, nastavení a zajištění kontrolních mechanismů (např. supervize, kontroly a administrace žádostí o platbu), aby bylo dosaženo souladu s nařízeními EK, která požadovali od ŘO OPD realizaci kontrol. Vzhledem k omezené odborné a administrativní kapacitě ŘO OPD byly  také financovány služby poskytované externími společnostmi, zejména administrativní, konzultační a odborná podpora jednotlivých činností vykonávaných ŘO OPD (např. výdaje spojené s právní podporou, náklady na odměňování kvalifikovaných zaměstnanců, konzultantů a odborných pracovníků, konzultace v oblasti legislativy, metodických předpisů apod., hodnocení projektů realizovaných v rámci OPD aj.). Dále náklady na zahraniční pracovní cesty - na jednání, která se vztahovala k OPD. 

Technické zabezpečení činností ŘO – oblast byla zaměřena na zajištění odborné asistence ŘO OPD. Financovány byly následující aktivity - osobní náklady zaměstnanců zapojených do implementace OPD včetně příslušenství (zdravotní a sociální pojištění hrazené organizací, náhrady mezd v době nemoci, příspěvky FKSP); činnosti nezbytné pro implementaci OPD zajišťované externě (např. překladatelské a tlumočnické služby, podpůrné činnosti související s kontrolou čerpání finančních prostředků OPD (dále jen „OPD“), občerstvení apod.) a materiální zabezpečení činnosti ŘO OPD. V případě materiálního zabezpečení se jednalo o výdaje spojené zejména s nákupem kancelářských potřeb, pořízením výpočetní, komunikační a kancelářské techniky, softwarového vybavení apod. S výše zmíněnými nákupy byly spojeny další finanční prostředky, a to na zabezpečení jejich bezproblémového provozu a údržby; služby pro zabezpečení monitoringu OPD a na rozvoj, provozování a správu informačního systému, webu www.opd.cz a elektronického úložiště; podíl režijních nákladů připadající na ŘO OPD – Odbor fondů EU (elektrická energie, plyn a voda) z celku na MD ČR.

Publicita - Oblast byla zaměřena na zajištění realizace Komunikačního plánu Operačního programu Doprava a jeho ročních podob. Aktivity zabezpečovaly dostatečnou propagaci a informovanost o operačním programu pro veškerou odbornou i širokou veřejnost. V oblasti publicity byly finanční prostředky vynaloženy na pořádání informačních a propagačních akcí, vydávání propagačních materiálů a provádění analýz dopadů těchto akcí. Dále se jednalo o zabezpečení propagačních předmětů, zajištění metodické podpory a organizačně technického zabezpečení publicity. Konkrétně byly financovány např. masmedia, informační materiály, publikování odborných článků, vydávání tiskových zpráv, prezentace při pořádání seminářů a workshopů, a jiné. 

Vzdělávání - Na základě zajištění kvalitní administrativní struktury OPD se  zaměstnanci účastnili v rámci jednotlivých témat daných seminářů, kde se podrobněji seznámili s problematikou související s jejich specifickými pracovními náplněmi. Oblast vzdělávání se  orientovala na financování aktivit spojených s organizací seminářů a workshopů zaměřených na výměnu zkušeností zaměstnanců zapojených do realizace programu. Předmětem vzdělávacích akcí bylo také zvyšování odborné kvalifikace všech zúčastněných relevantních osob při implementaci OPD. Do této oblasti spadala i jazyková výuka a případné jazykové kurzy konané v zahraničí. Dále se jednalo také o náklady spojené s nákupem odborné literatury, tiskovin, časopisů a vzdělávacích materiálů. Taktéž se jednalo o financování akcí zaměřených na přípravu, uveřejňování a vydávání vzdělávacích materiálů.  Současně byly financovány aktivity zaměřené na metodickou podporu v této oblasti apod. V rámci této oblasti byly rovněž hrazeny finanční prostředky vynaložené na školení konané mimo ČR. 

Evaluace - Příslušné finanční prostředky budou vynaložené na vypracování analýz a hodnocení nastavení výběrových kritérií, na zpracování analýz a studií zaměřených na sledování dopadů realizace programu, analyzování průběhu jejich realizace, vhodnosti a efektivnosti implementačních struktur, identifikování slabých míst implementační struktury a kapacity. Dále může jít o zpracování analýz rizik poruchovosti systému a okolí z hlediska projektů, analýz makroekonomických vlivů. 

Příprava nového programového období 2014-2020 – v rámci této aktivity budou financovány aktivity určené na zpracování analýz, podkladových studií a na samotnou přípravu operačního programu v období 2014-2021, včetně zpracování ex-ante hodnocení a hodnocení vlivů na životní prostředí (SEA). Současně budou financovány aktivity zaměřené na metodickou podporu apod.